1.生物学特征
（1）形态与染色：鼠疫耶尔森菌为革兰阴性杆菌，形态短而粗，两端钝圆，两极浓染，大小为（1.0～2.0）μm（0.5～0.7）μm.有荚膜，无鞭毛，无芽孢。陈旧培养物或3%氯化钠琼脂培养基上呈明显多形性。
（2）培养：需氧和兼性厌氧，在普通培养基上即可生长。最适生长温度是28℃～30℃。培养基最适pH为6.9～7.1.培养16～18h，用显微镜观察可见一层形状不一，浅灰色小菌落，这是鼠疫耶尔森菌培养初期的菌落特征，这对本菌的鉴定有一定意义。在培养24～48h后可形成直径0.1～0.2mm，圆形。中心突出，透明的浅灰色小菌落。72h后菌落直径可达4mm.在液体培养基中生长良好，开始浑浊生长，24h后为沉淀生长，48h后形成菌膜，稍加震动菌膜呈钟乳石状下垂。
（3）生化反应：不活跃，在双糖铁培养基上可分解葡萄糖，少数菌株可分解乳糖，不产生硫化氢，MIU培养基无动力，不产生靛基质，尿素酶试验阴性。
2.微生物学检验
（1）标本采集：主要采集血液、痰和淋巴结穿刺液。
（2）检验方法及鉴定：鼠疫耶尔森菌为甲类病原菌，传染性极强，故应严格遵守检验操作规程，要求实验室有隔离设施，防鼠、防蚤和严密的个人防护措施；用过的实验器材及物品随时消毒处理。
1）直接涂片检查：一般制片两张，分别用于革兰染色和美蓝染色，可见革兰阴性球杆菌，形似芝麻，两端浓染。
2）分离培养：鼠疫耶尔森菌学检验中分离培养步骤十分重要，分离培养时未污染标本可直接接种血平板，污染标本则需接种选择性培养基，如龙胆紫亚硫酸钠琼脂。经28℃～30℃培养24～48h后，挑选菌落作鉴定。
3）鉴定：根据菌落特征，细菌形态和肉汤中呈“钟乳石”状发育，KIA结果利用葡萄糖，不利用乳糖，不产H2S，MIU均为阴性反应。为作最后鉴定应补充以下实验方法：①噬菌体裂解试验；②动物试验；③免疫学方法。
